I simboli usati dalla citta’ nei primi anni dalla fondazione sono sconosciuti, sicuramente un simbolo al quale la citta’ e’ storicamente molto legata e’ la Madonna, la cui immagine e’ riportata su molte monete antiche e alla quale e’ anche dedicata la Cattedrale. L’aquila e’ un altro simbolo della citta’ spesso riportato su carteggi e monete e testimonia la fedelta’ di Pisa all’impero. Oggi l’aquila su sfondo giallo e’ il simbolo dell’omonima provincia. Sempre in virtu’ della fedelta’ al Sacro Romano Impero, nel 1162 prima e nel 1166 poi, l’imperatore Federico Barbarossa concede al comune il vessillo imperiale, negli atti e’ infatti riportata la dicitura dedite etiam imperator eis usum vexillum. Poco si sa di che vessillo si tratti, ma molti ritengono essere la Blutfahne ed e’ comunque certo che nei secoli successivi la citta’ utilizzo’ una bandiera rossa come insegna. Il colore rosso e’ ancora oggi presente nell’arme della citta’ insieme alla tipica croce patente, ovvero con le braccia piu’ larghe nella parte terminale, ritrinciata, cioe’ con l’estremita’ delle braccia a forma di rombo, e pomata con dodici globi. E’ pero’ poco noto come e quando la croce sia stata adottata come simbolo della citta’. Nel 1288 si ha la prima prova dell’utilizzo della croce come arme del Popolo, ovvero dei borghesi pisani; questa insegna e quella della citta’ rimasero tuttavia distinti sicuramente fino alla fine del dodicesimo secolo. Su alcune monete successive al 1318 compare, poi, una croce come segno di zecca e alcune di queste croci sono fogliate, forma simile a quella attuale. E’ durante la seconda repubblica (1494-1509) che la croce pisana diventa a tutti gli effetti l’arme cittadina. Bisogna quindi dire che molte riproduzioni di oggetti storici usati durante le rievocazioni storiche dello stemma pisano con la croce sono un falso storico in quanto si rifanno a eventi precedenti alla adozione dell’arme riprodotta; cosi’ come e’ da considerarsi storicamente errata la riproduzione della bandiera con la croce sullo stemma della Marina Militare poiche’ si rifa’ al periodo in cui Pisa era una repubblica marinara e che quindi adottava ancora il vessillo rosso. Altri simboli meno usati sono la lepre e a simboleggiare la tenacia e la forza dei pisani la gramigna.